Gundam, un ánime de guerra entre transhumanos modificados genéticamente versus los humanos naturales que renunciaron a las modificaciones, tildados como terroristas por su gobierno... se inicia una cacerÃa feroz que desemboca en una guerra entre ideologÃas diferentes.
La humanidad ha evolucionado en nuevas formas gracias a la ingenierÃa genética, con lo cual se ha creado un abismo entre los seres humanos normales ("Naturales") y los alterados ("Coordinadores"). Un joven civil que odia la guerra se encuentra pilotando un Gundam, y esta vez el héroe es un Coordinador llamado Kira Yamato. Al principio se ve obligado a luchar contra su propia gente, pero ahora se encuentra en medio de una guerra entre dos gobiernos cuyo único objetivo es el genocidio.