É a história de um hocotatian chamdo Olimar da Empresa Hocotate Freigh. Ele foi em uma viagem espacial com seu navio, O
SS Dolphin, Quando sua nave foi acertada por um meteoro e cai num planeta estranho. Quando ele caiu lá ele percebeu que sua nave perdeu muitas partes. e para piorar, tem oxigênio venenoso nesse planeta e seu sistema de vida dura por 30 dias. Quando ele viu uma coisa no chão, ela se mexeu e decidiu chamar de cebola. e, ela soltou uma semente que ele tirou, e era uma coisa que parecia um animal, e decidiu chamar de "Pikmin" e eles trazem comida e nutrientes para a cebola e ela faz mais pikmin e eles ajudam o capitão a recuperar as partes. Eles lutam contra predadores, morrem, e trabalham por Olimar. o jogo é bonito graças ao poder do Game Cube e tem boa trilha sonora, tem dificuldade alta, é fácil até se o jogador for experiente, zerando em apenas 1 hora ou 2 o único problema é que o jogo tem inimigos "diferentes". Um deles é o Beady Long Legs, um chefe bizarro sem uma cara. O Puffstool também é um deles.